De populatie van visetende vogels in de Nederlandse binnenwateren groeit gestaag sinds 1981. De aalscholver Phalacrocorax carbo populatie ging van 6.600 paar in 1979-1983 naar gemiddeld 21.000 paren in 1999-2003. De futenpopulatie Podiceps cristatus laat over de periode 1981-2003 een matige toename in aantallen zien. De grote zilverreiger Egretta alba broedt vanaf 1991 jaarlijks in ons land en het aantal stijgt sinds 1998-2000 spectaculair. De ijsvogel Alcedo atthis populatie laat sinds 1981 een sterke toename zien van >5% per jaar. De visarend Pandion haliaetus laat in Nederland sinds 1988 een matige toename zien.

De ontwikkeling van de weidevogels in Amstelland, de Vechtstreek en Eemland is zorgelijk. Sinds 1997-1998 gaan tureluur Tringa totanus, slobeend Anas clypeata, graspieper Anthus pratensis, grutto Limosa limosa, scholekster Haematopus ostralegus, kievit Vanellus vanellus en veldleeuwerik Alauda arvensis in aantal achteruit. De veldleeuwerik is koploper (gemiddeld bijna 10% per jaar).

Rond 1960 hebben naar schatting 2.500 - 3.000 tapuiten Oenanthe oenanthe in Nederland gebroed en in de periode 1973-77 was de soort als broedvogel nog steeds wijd verspreid in Nederland. De tapuit broedde niet alleen in heidevelden, veengebieden en duinen maar ook in cultuurland op de zandgronden. Vanaf de jaren tachtig begint de verspreiding snel ijler te worden waarbij aanvankelijk vooral leemtes ontstaan in de kleinschalige agrarische landschappen in Drenthe, de Friese zandgronden, Overijssel, Noord-Brabant en Limburg. Tot in de '80er jaren was de tapuit nog een wijdverbreide broedvogel in de kustduinen. Vanaf 1990 is er een verdere zeer sterke afname van >5% per jaar van broedende tapuiten en in 1998-2000 was de tapuit verdwenen uit de Zuid- en Midden-Nederlandse heide- en stuifzandgebieden.

Mogelijk waren er rond 1900 in Nederland enige duizenden grauwe klauwieren Lanius collurio, die in vele landschapstypen voorkwamen. De soort heeft het lang volgehouden in de duinen, die tot in de jaren '50 een bolwerk van de grauwe klauwier vormden. Sindsdien is de duinpopulatie sterk afgenomen, eerst in de duinen van het vasteland en vanaf de jaren '80 ook op de Waddeneilanden. Rond 1960 werd de stand in Nederland geschat op 400 paren. In 1985 werden nog slechts 80-140 paren geteld in Nederland. Sinds 1990 was er weer een significante afname. In de duinstrook werd in 1997 en 1998 nog een broedgeval gezien op Ameland. Nadien waren er nog slechts enkele onregelmatige broedgevallen in de hele Nederlandse duinstrook.

De hoofdmoot van het menu van de grauwe klauwier bestaat uit grote insecten zoals kevers, bijen, hommels, sprinkhanen en libellen. De algehele veraming van de insectenfauna lijkt de belangrijkste oorzaak te zijn geweest voor het verdwijnen van de grauwe klauwier uit de Nederlandse duinen. Ook in Vlaanderen is de populatie van de grauwe klauwier dramatisch achteruit gegaan: rond 1970 werd het aantal broedende grauwe klauwieren nog op 340 paar geschat, maar in de periode 1990-1994 werden nog slechts 6-7 'echte' broedparen geteld in de enig overgebleven Limburgse populatie. Ook in Engeland, Italië, Andorra, Slowakije, Slowenië, Servië, Litouwen, Griekenland en Scandinavië ging de grauwe klauwier in de jaren 1990 achteruit (gegevens Birdlife International, zie bijlage).

Zelfs mensen die niets met vogels hebben, geven toe geschrokken te zijn van het nieuws dat de huismus Passer domesticus hard achteruit gaat in Nederland. In de jaren 1970 werd het aantal broedparen geschat op 1 à 2 miljoen. Tussen 1990 en 2000 is het aantal ongeveer gehalveerd. In 1998-2000 werd de broedpopulatie door SOVON geschat op 500.000 - 1.000.000 paar. Sinds 2000 lijkt het of het aantal broedparen van de huismus in Nederland stabiliseert. Volwassen huismussen zijn graan- en onkruidzaden eters. Jonge huismussen worden vooral gevoerd met rupsen en insecten. Uit Rotterdams onderzoek zijn de belangrijkste oorzaken naar voren gekomen: onvoldoende insectenaanbod (de belangrijkste voedingsbron voor jonge mussen die nog veel eiwitrijk voedsel nodig hebben), het gebruik van pesticiden ter bestrijding van luizen, het wegbranden van onkruiden en gebruik van herbiciden tegen onkruiden (ook een voedselbron voor de huismus), predatie door huiskatten en tenslotte het verkeer. In Vlaanderen wordt aangenomen dat er een achteruitgang met ongeveer 30% plaatsvond tijdens de afgelopen 40 jaar. Hoewel de verspreiding van de Huismus niet sterk veranderde, ging vooral het aantal huismusgroepen achteruit en werd de gemiddelde grootte van deze groepen kleiner. In Vlaanderen is de huismus als achteruitgaand op de rode lijst gezet. De huismus staat als gevoelig op de Nederlandse en Duitse rode lijst om aan te geven dat hun afname in aantal 'zorgelijk' is. De huismus ging in de jaren 1990 in grote delen van Europa sterk achteruit (gegevens Birdlife International, zie bijlage).

Uit recent onderzoek van Wageningen Universiteit en andere Europese universiteiten is gebleken dat pesticiden in de intensieve akkerbouw een negatief effect hebben op de biodiversiteit van wilde planten, kevers en broedvogels (zie bijlage). ‘Het gebruik van insecticiden en fungiciden blijkt consistent een groot negatief effect te hebben op de biodiversiteit. Die uitkomsten zijn zeer robuust’, stelt Frank Berendse,hoogleraar Natuurbeheer en plantenecologie in Wageningen. Een verdubbeling van de agrarische productie, van 4 naar 8 ton per hectare, leidt gemiddeld tot een halvering van het aantal wilde plantensoorten en het verlies van een derde van het aantal soorten loopkevers en broedvogels. Op 3 november 2010 deed Prof. Frank Berendse verslag van de resultaten van het onderzoek tijdens een rondetafelgesprek van de Vaste commissie van Economische zaken, Landbouw en Innovatie (zie bijlage). De gevolgen voor de Nederlandse akkervogels zijn catastrofaal. De grauwe gors en de ortolaan zijn inmiddels verdwenen en het paapje komt als akkervogel niet meer voor. Korhoenders en kwartelkoningen zijn ook zo goed als uitgestorven. De geelgors is verdwenen uit het westen en noorden van het land. Andere tot voor kort wijd verspreide akkervogels (patrijs, veldleeuwerik en kievit) verliezen in razend tempo terrein. De cijfers uit Vlaanderen zijn ook weinig hoopgevend: traditionele akkervogels zoals Patrijs, Veldleeuwerik, Grauwe Gors, Geelgors en Ringmus vertonen een afname van -50 tot zelfs -95 % op 30 jaar tijd. Ook in Luxemburg zijn akkervogels uitgestorven (korhoen, grauwe gors) of worden met uitsterven bedreigd (paapje, kievit, kwartelkoning).

Het Wormer- en Jisperveld is het grootste aaneengesloten veenweidegebied van West-Europa en één van de best bewaarde voorbeelden van het West-Nederlandse laagveenlandschap. In 2007 is in het Wormer- en Jisperveld de derde gebiedsdekkende broedvogels inventarisatie en vergelijking in het kader van het monitoringsplan van "Vereniging Natuurmonumenten" uitgevoerd. Weidevogels zoals grutto en kievit zijn in aantal sterk afgenomen t.o.v. 2004. Ook scholekster, tureluur en veldleeuwerik gingen hard achteruit.

Het gaat zo slecht met de egels in Nederland dat deze op de Rode Lijst van bedreigde zoogdieren zouden moeten komen. Op grond van voorlopig onderzoek lijkt het aantal egels in Nederland in de afgelopen tien jaar gehalveerd. Recentelijk was het voor het eerst ook mogelijk een trend voor egels te berekenen vanuit de jaarlijkse systematische vogeltellingen die worden uitgevoerd door vrijwilligers van SOVON. Bij die tellingen worden ook zoogdieren gezien en geteld. De trend is dat er bijna de helft minder egels zijn in Nederland dan halverwege de jaren negentig (een significante afname in de periode 1994-2008), toen de neonicotinoide insecticiden werden ingevoerd (zie bijlage). De egel komt van nature vooral voor in kleinschalige boerenlandschappen, zoals nog in grote delen van Oost-Nederland zijn te vinden. In deze landschappen met veel houtwallen, heggen, kleine bosjes en rommelhoekjes op erven is voor de egel niet alleen voldoende voedsel te vinden, maar ook veel plek om zich te verschuilen. De egel is ook een bekende verschijning in tuinen in West-Europa. Sinds het overvloedige gebruik van insecticiden zijn er steeds minder egels in onze velden en tuinen. De egel is namelijk een van de grotere insecteneters.

In Duitsland zijn de producenten van bestrijdingsmiddelen wettelijk verplicht de jaarlijkse omzet voor binnen- en buitenland door te geven aan het Bundesamt für Verbraucherschutz und Lebensmittelsicherheit (BVL). Navolgend een overzicht van de omzet van insecticiden in het binnenland in 2005. Uit deze gegevens wordt niet alleen duidelijk dat Imidacloprid tot de meest gebruikte insecticiden behoort, maar ook dat de stof in vergelijking met vele andere insecticiden die worden gebruikt veel giftiger is voor honingbijen, veel langzamer wordt afgebroken in de bodem, en veel gemakkelijker wordt uitgespoeld naar het grondwater. Vergelijkbare gegevens voor Nederland zijn niet beschikbaar.

Het Dwingelderveld neemt niet alleen in Nederland maar in heel Noord-West Europa een unieke plaats in vanwege het grote oppervlak natte heide. Vanwege dit unieke karakter is het gebied in 1991 uitgeroepen tot Nationaal Park. In dat jaar heeft ook een grootschalige inventarisatie plaats gevonden van de loopkevers in dit gebied door Sjouke van Essen. Als toppredatoren van het bodemsysteem zijn loopkevers (op de bodem) en hun larven (in de bodem) gevoelig voor alle processen die zich in die bodem afspelen. Loopkevers zijn ecologisch de best onderzochte groep evertebraten. Ze worden geacht indicatief te zijn voor alle andere groepen aan de bodem gebonden evertebraten. Het aantal loopkeversoorten in het Dwingelderveld is duidelijk afgenomen ten opzichte van 1991.