De moshommel Bombus muscorum kwam voor 1980 verspreid over heel Nederland voor, met name in het westen van het land. In Zuid-Holland komt de moshommel nu slechts nog voor in enkele buitendijkse gebieden in de Delta. Op de Beninger Slikken en Tiengemeten zijn nog grote populaties aanwezig, maar de populatie van de moshommel op de Slikken van Flakkee is vermoedelijk klein. Op de Hompelvoet was de populatie rond 2000 groot, maar lijkt imiddels bijna verdwenen te zijn. Ook met de overige wilde bijensoorten van het eiland gaat het slecht. De Slikken van Flakkee zijn de belangrijkste broedplaats in Noordwest-Europa van de Strandplevier Charadrius alexandrinus. Het aantal broedparen van de Strandplevier op de Slikken van Flakkee is in 2008 verder gedaald (32 paren tegenover 62 paren in 2007).
De strandplevier is ook van oudsher broedvogel in 10-tallen paren in het Haringvliet met als belangrijkste broedplaats de Scheelhoek en het Quackgors bij Hellevoetsluis. Door de Deltawerken ontstonden broedplaatsen door het opspuiten van zand bij de Hellegatsdam en het droogvallen van de Ventjagersplaat.
Het gemiddelde uitvliegsucces van de strandplevier in het Deltagebied in de periode 2000-2005 bedroeg slechts 0,39 jong/paar, waardoor deze soort met uitsterven wordt bedreigd. Het voedsel van de standplevier bestaat uit ongewervelden van de bodem- en waterfauna waaronder ook insecten. Sinds 2001 zijn in het oppervlaktewater van het Deltagebied normoverschrijdingen gemeten van bestrijdingsmiddelen, die met name in de aardappelteelt worden ingezet, en die een dodelijke bedreiging voor ongewervelde dieren vormen. Ook de bodem van het Grevelingenmeer is zo dood als een dooie pier.